Служба морської безпеки відповідає за впровадження і підтримання належного рівня морської безпеки в акваторії морського порту «Южний», підтримання режиму перебування на об’єктах адміністрації морського порту «Южний», захист об’єктів портової інфраструктури та суден, що перебувають на портових засобах адміністрації морського порту «Южний», їх екіпажів і пасажирів від актів піратства, тероризму, актів незаконного втручання та інших протиправних дій.

До складу Служби морської безпеки входять також Морський патрульний відділ (МПВ) та Загін загальної охорони (ЗЗО). Служба морської безпеки, яку очолює Руслан Сушко, в ході повсякденної діяльності здійснює перевірки суден, які зайшли в морський порт «Южний», впроваджує комплекс організаційних, адміністративних, режимних і технічних заходів для запобігання, виявлення і припинення актів піратства, тероризму та актів незаконного втручання у діяльність адміністрації морського порту «Южний».

Служба також забезпечує несення цілодобового оперативного чергування за спостереженням стану морської безпеки, реагування на порушення, що пов’язані з охороною суден і портових засобів адміністрації морського порту «Южний», забезпечує організацію, контроль та підтримання відповідного пропускного та внутрішньооб’єктового режиму на об’єктах адміністрації морського порту «Южний». Крім того Служба морської безпеки підтримує встановлений Міністерством інфраструктури України рівень охорони на портових засобах морського порту «Южний».