Портовий флот створений для обслуговування транспортних суден на акваторії порту, а також для перевезення вантажів та пасажирів.

Портовий флот адміністрації морського порту «Южний» — службово-допоміжний флот, здатний виконувати великий спектр завдань завдяки різноманітності суден.

Команда із 129 досвідчених професіоналів та фахівців під керівництвом Артура Померанцева своєчасно та якісно обслуговує судна транспортного флоту в акваторії порту і на зовнішньому рейді, здійснює перевезення вантажів і пасажирів на суднах портового флоту в порту і каботажі, підтримує чистоту акваторії порту та забезпечує безаварійне плавання суден портового флоту.

Також портофлот організовує та здійснює перевезення вантажів і пасажирів суднами портового флоту відповідно до заявок, забезпечує роботи з експлуатації: виконання всіх функцій, пов’язаних з виробничою діяльністю портового флоту, та забезпечує безпеку судноплавства.

Крім того портофлот організовує роботи з підготовки, перепідготовки та підвищення кваліфікації кадрів плавскладу портового флоту, забезпечує роботи з технічної експлуатації, техобслуговування і ремонту флоту та інших виробничих фондів відповідно до Правил технічної експлуатації суден морського флоту, Положення про ремонт суден портового флоту та Правил Регістру судноплавства України тощо.

У 2016 році портовий флот отримав відзнаку «Кращий підрозділ за 2016 рік» адміністрації морського порту «Южний».