Розрахунковий центр здійснює контроль та облік платежів за послуги, що надані адміністрацією порту «Южний», та портові збори за суднозаходи; бере участь у контролі за виконанням умов договорів з контрагентами, а також у розробці пропозицій з удосконалення тарифної системи підприємства.

Команда справжніх професіоналів, досвідчених та кваліфікованих фахівців вже п’ять років роблять свій внесок у розвиток адміністрації морського порту «Южний»: Михальченко О.В., Литвиненко Т.В., Черой О.О., Кучмій Ю.В., Кучеренко В.А., Великохатько І.А., Шумілова В.А., Дубаткова В., Чарикова Ю.В., Авер`янова Н.В., Ковалюк О.В., Брагарчук Л.Г.

Розрахунковий центр є самостійним структурним підрозділом адміністрації та безпосередньо підпорядковується заступнику начальника адміністрації морського порту «Южний» з економіки та фінансів Інні Костянтинівні Яблонській.

З питань, що стосуються бухгалтерського та податкового обліку, Центр методологічно підпорядковується головному бухгалтеру – Ірині Анатоліївні Мартинюк.