З метою запобігання та протидії актам тероризму, актам незаконного втручання і піратства в морському порту «Южний», проводиться щозмінне морське патрулювання акваторії.

Патрулювання здійснюється на суднах портового флоту адміністрації порту та на лоцманських катерах філії «Дельта-лоцман» ДП «АМПУ».

В ході морського патрулювання особлива увага приділяється спостереженню за акваторією морського порту «Южний», портовими засобами, суднами і маломірними плавзасобами.

Також офіцери служби морської безпеки забезпечують візуальний контроль технічного стану причалів, швартових та відбійних пристроїв з метою перевірки їх готовності до прийому та обслуговування суден, що здійснюють міжнародні рейси.